A rendszerváltást követően, 1989 után Csehszlovákiában, így Dunaszerdahelyen is, jelentős változások következtek be a sportfinanszírozás terén. A szocialista időszakban a termelői szövetkezetek kulcsszerepet játszottak a sportegyesületek, így DAC támogatásában is. A fordulat miatt a szövetkezetek már nem tudták, illetve nem akarták tovább finanszírozni a sportot. Az új gazdasági környezetben a DAC-nak is alkalmazkodnia kellett a piaci elvárásokhoz. De a ´90-es évek még így is elevenen élnek emlékezetünkben.
1989-ben Pecze Károly ötödik – és egyben utolsó – dunaszerdahelyi idényében hatodik lett a DAC a csehszlovák élvonalban. Pecze a távozásakor a Tip sportújságban így összegezte a nálunk végzett munkáját: „A Dunaszerdahelyen eltöltött öt évem alatt a klub történetének legnagyobb sikereit érte el. A DAC felkerült az élvonalba, nem voltak kiesési gondjai, megnyertük a Szlovák és a Csehszlovák Kupát, majd 3. végeztünk az I. ligában, pályára léptünk az Interkupában, a Kupagyőztesek Európa-kupájában, az UEFA kupában. Ezek olyan fegyvertények, amelyeket sokkal nagyobb történelmi múlttal rendelkező klubok sem tudnak felmutatni. Nem mondom, hogy ez a legutóbbi 6. hely azonos az elvárásaimmal, de ez nem balsiker.”
Egy évvel később kemény harcot vívtunk a bennmaradásért. Az 1989/90-es idénynek már az Anton Dragúň-Kucman Ferenc alkotta új edzőpárossal vágtunk neki. Egy fordulóval a vége előtt biztosítottuk be a bennmaradást. Az 1990/91-es idénytől újra Szikora György irányította a csapatot. Történelme során először vezette az élvonalbeli bajnokságot a DAC, még három fordulóval a szezon vége előtt is! A hajrá viszont nem sikerült, végül a 4. helyen zártunk, így az európai kupaszereplés is elúszott.
Az 1991/92-es idény mozgalmasra sikeredett. Élvonalbeli szereplésünk során először cseréltünk edzőt szezon közben, a 12. forduló után Szikora Györgyöt addigi segítője, Vladimír Hrivnák váltotta. Végül negatív mérleggel a 9. helyen zártunk. A közös csehszlovák liga utolsó idényében, az 1992/93-es szezonban már Dušan Radolský irányította a DAC együttesét. A bajnokságot a 4. helyen zártuk, a Szlovák Kupában pedig a döntőig jutottunk, ahol a második ligás Kassától tizenegyesekkel kaptunk ki.
Az 1993/94-es idényben Pavol Diňa volt a DAC első élvonalbeli gólkirálya, 19 találattal végzett a sorrend élén. A következő években több edző és játékos is megfordult csapatunk kispadján, a ´90-es évek közepén a hazai mérkőzéseket átlagosan nagyjából kétezren látogatták.
Az élvonalból 13 esztendőt követően, 1998-ban estünk ki, miután az utolsó, 16. helyen végeztünk. Az élvonalból való búcsút követően Vladimír Rusnák vette át a DAC irányítását. Vezetésével megnyertük a II. liga 1998/99-es idényét, és a lehető legrövidebb úton visszatértünk a legjobbak közé. A 1999/2000-es szezonban újoncként a 14. helyen végeztünk, a bajnokság átszervezése miatt azonban búcsúztunk az 1. ligától – nyolc hosszú esztendőre, amely alatt még a harmadik ligát is megjártuk.
Az idő azonban megszépíti a dolgokat, és ennyi év elteltével már nosztalgiával tekintünk vissza arra az időszakra is, amikor az alacsonyabb osztályban kellett megállnunk a helyünket. Kedves emlékei még így is mindenkinek vannak erről az korszakról. Ugyanúgy, mint az azt követő évtizedekből is, amelyek még tisztán élnek a szurkolók emlékezetében…