A 2017/18-as idénytől új lebonyolítási formában rendezik a Fortuna Liga küzdelmeit, a résztvevők száma változatlanul tizenkét csapat.

Az idény 32 fordulóból áll:

- a 22 fordulós alapszakasz során mindenki mindenkivel találkozik, oda-vissza alapon

- ezt követően a bajnokság két hattagú csoportra oszlik; a felső hatos a bajnoki címért harcol, az alsó pedig a kiesés elkerüléséért; ismét mindenki mindenkivel kétszer találkozik (egyszer otthon, egyszer idegenben), ami összesen további tíz fordulót jelent

- az alapszakaszban megszerzett pontokat a rájátszásba is magukkal viszik a csapatok.

Ha a végső bajnoki táblázat első három helyén végző együttes valamelyike hódítja el a szlovák kupát, akkor az Európa-liga selejtezőibe szóló utolsó hely sorsa selejtezőn dől el, amelynek elődöntőiben a 4. a 7., míg az 5. a 6. helyezettel mérkőzik, majd a két párharc győztese a döntőben találkozik. A selejtezők egy mérkőzésből állnak, mely a táblázaton magasabban álló együttes otthonában kerül megrendezésre.

A végső táblázat 12. helyén álló együttes automatikusan kiesik. Amennyiben a második liga 2. helyezettje minden élvonalbeli licenckritériumnak megfelel, a Fortuna Liga 11. helyezettjével mérkőzik egy kétmeccses selejtezőn (otthon, idegenben) az élvonalban maradásért.

„A Fortuna Liga új rendszerétől azt várjuk, hogy több meccsnek lesz komoly tétje és hangulata. Harc a felső hatosért, rájátszás, playoff, vérre menő párharcok - pontosan ez az, amit mindnyájan várunk, főleg a szurkolók. Bízunk benne, hogy megszűnik az ún. unalmas középmezőny, ahol az idény bizonyos szakaszában már egyre több mérkőzést játszottak komolyabb tét nélkül. Természetesen, egyúttal célunk felkelteni a szurkolók, a sajtó, a televízió-társaságok és partnereink nagyobb érdeklődését,“ nyilatkozta a Fortuna Liga hivatalos portáljának Ivan Kozák, a Ligás Klubok Uniójának elnöke.